Konstruksi Jalan Tol Bali Mandara menggunakan pondasi tiang pancang yang berjumlah hampir 14.000 ribu titik pancang, termasuk struktur pondasi jembatan alur nelayan yang memerlukan pemantauan terus-menerus. Untuk mempermudah pemantauan, PT Jasamarga Bali Tol telah menerapkan Sistem Informasi Pemantauan dan Pemeliharaan. Sistem ini telah mengidentifikasi secara computerized penomoran tiang pancang sehingga memudahkan pemantauan apabila terjadi pergerakan atau masalah lain. Sedangkan untuk pemantauan struktur konstruksi jalan tol dilakukan dengan pemasangan Structural Health Monitoring System (SHMS). SHMS berfungsi mengukur lendutan vertikal dan kemiringan pier struktur jembatan mengunakan sensor tiltmeter. Sensor tiltmeter yang terpasang berjumlah 22 buah.